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根目錄，包含整個 Linux 系統的所有目錄和檔案 |
| /bin |
此目錄放置操作系統時，所需使用的各種指令程式。例如 cp、rpm、kill、tar、mv、rm、ping 等等常用指令，還有各種不同的 shell，如 bash、bash2、tcsh 等等。 |
| /boot |
系統啟動時必須讀取的檔案，包括系統核心在內 |
| /dev |
存放周邊設備代號的檔案。 |
| /etc |
放置與系統設定、管理相關的檔案。 |
| /etc/rc.d |
包含開機或關機時所執行的 script 檔案 |
| /etc/X11 |
放置 X Window System 各設定檔的目錄。 |
| /home |
此目錄預設用來放置使用者帳號的家目錄 |
| /lib |
放置一些共用的函式庫 |
| /lib/modules |
存放系統核心的模組 |
| /lost+found |
檔案系統發生問題時，Linux 會自動掃描磁碟試圖修正錯誤，倘若找到遺失或錯誤的區段，就會將這些區段轉成檔案存放於此目錄，等候管理人員進一步處理。 |
| /misc |
預設空無一物，供管理者堆放公共雜物。預設權限是全部使用者都可以讀取和執行檔案，但是只有管理者能夠寫入檔案。 |
| /media |
此目錄可用來作為光碟、軟碟片、隨身碟與其他分割區的自動掛載點。 |
| /mnt |
此目錄可以作為手動掛載其他分割區的掛載點。 |
| /proc |
系統核心和執行程序之間的資訊，比如說執行 ps、free 等指令時所看到的訊息，就是從這裡讀取。這目錄內的檔案並非真的存在，使用者看到的是如同幻影般的虛擬檔案。這個目錄本身是一個『虛擬檔案系統(virtual filesystem)』放置的資料都是在記憶體當中， 例如系統核心、行程資訊(process)、周邊裝置的狀態及網路狀態等等。因為這個目錄下的資料都是在記憶體當中， 所以本身不佔任何硬碟空間。比較重要的檔案例如：/proc/cpuinfo, /proc/dma, /proc/interrupts, /proc/ioports, /proc/net/* 等等。 |
| /root |
系統管理者專用的目錄，亦即root帳號的家目錄 |
| /sbin |
此目錄存放啟動系統需執行的程式，例如 fsck、init、grub、lilo 與 swapon 等 |
| /tmp |
供全部使用者暫時放置檔案的目錄。系統預設可讓所有使用者讀取、寫入和執行檔案，因此對於一般使用者來說，若臨時覺得自己的磁碟空間不敷使用，便能暫時利用此目錄存放檔案。這裡也是暫存檔的目錄，某些程式在執行中所產生的臨時檔案，會存放在這個目錄內。 |
| /usr (unix software resource) |
此目錄包括許多子目錄，用來存放系統指令、程式等資訊 |
| /usr/bin |
放置使用者可以執行的指令程式，如 find、free、gcc 等等 |
| /usr/local |
此目錄用來存放自行編譯的軟體，以便與使用 RPM 安裝的軟體互相區隔，避免兩個套件系統發生衝突的情況。 |
| /usr/share/doc |
存放各種文件的目錄 |
| /usr/share/man |
放置多種線上說明的文件 |
| /usr/src |
存放原始碼的地方，Linux 系統核心的原始碼就放在這裡 |
| /var |
系統執行時，內容經常變動的資料或暫存檔，都會放置在這個目錄裡。包括使用者的郵件檔案、記載系統活動過程的紀錄(log)檔、列印工作的佇列檔、暫存檔及系統執行程式的 PID(Process ID，程序識別碼)記錄等等。Apache 網頁目錄與FTP目錄等伺服器的專用目錄也位於此處。 |
| /var/tmp |
放置不想被刪除的暫存檔 |